特定の応用を持っているわけではないですが、画像処理や画像認識が比較的見栄えもよくて処理することが多いので、OpenCV の本を買ってみましたが、実際のところはほとんど matlab で書いていました。
matlab は R や Python で定番のパッケージを後追いで実装して toolbox にしているイメージがあります。もちろん商用ソフトなので、その実装にはそれなりの責任が伴うので単純な話ではないですがちょっと微妙だなと思うこともあります。
あと、産総研だと matlab はアカデミック価格では買えません。そもそもアカデミック価格というのは学生に撒き餌をするようなものですから産総研が対象外なのは仕方ありません。さらにもう一つ引っかかるのは、産総研は今はわかりませんが、matlab の基本パッケージのサイトライセンスを取っていましたが、toolbox を追加するには基本パッケージごと買いなおさなければならないというのは融通が利かない部分だなと思います。ソフトウェア販売というのが今の時代なかなか難しいのでユーザ側のこうしたことは勝手な注文ということかもしれませんが。